Denne by, der lå strategisk godt placeret mellem Tegucigalpa og San Pedro, var landets første hovedstad indtil 1880. I dag har den gennemgået en storstilet restaurering, der har ført den tilbage til sin fortids pragt og charme. Torvet i hjertet af byen og katedralen er de absolutte stjerner fra kolonitiden. Kirken blev bygget mellem 1685 og 1715 og har en af verdens ældste klokker. Den er maurisk og blev for 800 år siden lavet til Alhambra og skænket til kirken af Philip II af Spanien. Derudover kan man se 4 af de oprindelige 16 altre, som er smukt udskårne i træ og belagt med bladguld. Man finder også her det første universitet i Centralamerika, der blev grundlagt i 1632 i Casa Curak. Dette huser i dag Museo Colonial, hvor man kan se religiøse kunstværker og relikvier. Den første kirke i byen var La Merced fra 1500 tallet, og ellers kan nævnes San Francisco og La Caridad, der også er gamle, seværdige kirker fra den tid.Comayagua er berømt for sine storslåede påskeoptog ligesom byen Antigua i Guatemala.
..