Disse missions komplekser og kirker var bygget sammen med beboelsesområder kaldet reducciones. Ruinerne har hver især deres egen historie af indiansk kultur tilsat kristne attributter under indflydelse af kunstsymbolikken fra både den barokke, den romanske og den græske verden. Alt efter perioden de blev opført i.
Jesuitterne kom til Guayrá i 1588 med tilladelse fra Kong Filip den anden af Spanien. Deres mål var at kristne den indianske befolkning og beskytte dem mod koloniherrernes ”Encomienda” system, som praktisk talt gjorde dem til slaver. Man inviterede de indfødte til at bo sammen og antage en ny livsstil og en ny religion. Man lagde stor vægt på at bibevare de indianske traditioner, sprog og håndværk. Under jesuitternes ledelse gennem 150 år lykkedes det at beskytte og opretholde disse nye samfund, hvor der var hjælp til de fattige, gratis skoler og hospitaler samt mange andre tiltag, måske mere eller mindre diskutable. Man oprettede Sydamerikas første industri med fremstilling af avanceret kunsthåndværk, ikke mindst træsnit, fremstilling af ure, musikinstrumenter og meget mere. Desuden lagde man stor vægt på læsefærdighed, kunst og musik – faktisk var Guaraní samfundet den eneste indianske befolkning, hvor alle kunne læse og skrive. Den dag i dag er det indianske sprog Guaraní officielt sprog i Paraguay, hvilket er det eneste eksempel af slagsen i Sydamerika.
Det anslåes af omkring 100.000 indfødte konverterede til Katolicismen og nogle beboelser nåede op på omkring 20.000 indbyggere. Målet var som nævnt at beskytte de lokale mod slaveri, men mange mener at jesuitterne praktisk talt gjorde dem til det samme – bare under et andet navn og bedre forhold. Uanset hvad man mener, forstod jesuitterne at skaffe sig både rigdom og magt.
Problemerne startede i år 1750, da den spanske konge afgav en del af dette territorium til Portugal. Portuguisernes mål var at overtage den økonomiske gevinst som Jesuit missionerne indbragte, hvilket satte gang i Guaraní krigene i 1756. De sidste missioner blev forladt i 1767 og jesuitterne blev udvist, mens de indfødte flygtede ind i skovene. Disse Guarani indianere er i dag reduceret til en meget lille gruppe på omkring 50.000.
Tilbage står nu ruinerne, som et tavst og yderst interessant minde om en omdiskuteret del af kirke- og kolonitidshistorien i Sydamerika.