Komplekset er 1800 hektar, hvoraf kun 30-40% er udgravet, men der arkæologer arbejder fortsat i parken. Stedte blev bygget af Tupac Ica Yupanqui & Huayana Capac. Choquequirao menes at have fungeret som adgang til Vilcabamba og som administrativ center for politiske, sociale og økonomiske funktioner. Stedet menes at være en af de sidste bastioner og refugium for inkaen Manco Inca Yupanqui, som flygtede fra Cuzco i 1535 efter et mislykket belejring af byen.
Ruinerne dækker ceremonielle steder dedikerede til Solen, jorden, vandet og andre guddommeligheder. Derudover dækker området huse til administration, håndværkere, opbevaring samt imponerende terrasser hugget ind i bjergsiden, til dyrkning af grøntsager, hvor også vilde blomster gror.