Byen blev oprindeligt navngivet El Cayo af spanierne. Den 19. oktober 1904 blev El Cayo officielt erklæret en by af regeringen i Britisk Honduras.Tidligere løb en bæk mellem Macal- og Mopan-floderne en kilometer uden for San Ignacio og gik mod Benque Viejo.
Denne bæk opfyldte derefter definitionen af et landområde fuldstændigt omgivet af vand og dermed navnet Cayo, "ø". Der var en stor træbro over denne å i slutningen af 1940'erne, men da åen til sidst tørrede ud, var området fyldt med kalkstensgrus, og i dag er der stadig ingen beviser for dens eksistens.
Denne bæk opfyldte derefter definitionen af et landområde fuldstændigt omgivet af vand og dermed navnet Cayo, "ø". Der var en stor træbro over denne å i slutningen af 1940'erne, men da åen til sidst tørrede ud, var området fyldt med kalkstensgrus, og i dag er der stadig ingen beviser for dens eksistens.
