Øen har vulkansk oprindelse og vurderes til at være over 3 millioner år gammel. Den var oprindeligt dækket af regnskov, og i dag er 70% af øen stadig regnskov. Øen er kendt for sin unikke flora og fauna. I det resterende regnskov siges det, at op til 20 procent af træer og orkidéer er endemiske. Men det er ikke kun flora, der er speciel på Príncipe - øens fauna kan heller ikke sammenlignes med noget andet sted. På grund af afstanden til fastlandet og øens vulkanske natur, er der kun observeret 8 naturlige pattedyr, som primært er flagermus. Derimod er der et rigt fugleliv. 135 arter er der talt, hvor over halvdelen er endemiske.
Den sydlige del af Príncipe er den højeste. Her ligger bjerget Pico de Príncipe, som er dækket af tyk regnskov, og som udgør en del af nationalparken Obo National Park. Denne nationalpark er kun delvist på Príncipe, resten findes på den største ø São Tomé.
Príncipe er også stedet for dykkere og fiskere, og i perioden juli - september kan man opleve pukkelhvalerne, når deres færd mod varmere vande bringer dem forbi Príncipe.