Øen har vulkansk oprindelse og vurderes til at være over 3 millioner Ã¥r gammel. Den var oprindeligt dækket af regnskov, og i dag er 70% af øen stadig regnskov. Øen er kendt for sin unikke flora og fauna. I det resterende regnskov siges det, at op til 20 procent af træer og orkidéer er endemiske. Men det er ikke kun flora, der er speciel pÃ¥ PrÃncipe - øens fauna kan heller ikke sammenlignes med noget andet sted. PÃ¥ grund af afstanden til fastlandet og øens vulkanske natur, er der kun observeret 8 naturlige pattedyr, som primært er flagermus. Derimod er der et rigt fugleliv. 135 arter er der talt, hvor over halvdelen er endemiske.
Den sydlige del af PrÃncipe er den højeste. Her ligger bjerget Pico de PrÃncipe, som er dækket af tyk regnskov, og som udgør en del af nationalparken Obo National Park. Denne nationalpark er kun delvist pÃ¥ PrÃncipe, resten findes pÃ¥ den største ø São Tomé.
PrÃncipe er ogsÃ¥ stedet for dykkere og fiskere, og i perioden juli - september kan man opleve pukkelhvalerne, nÃ¥r deres færd mod varmere vande bringer dem forbi PrÃncipe.