Yogya er endvidere udgangspunktet for Indonesiens to vigtigste arkæologiske perler. De oldgamle tempelkomplekser Borobudur og Prambanan ligger begge ca. 30 minutters kørsel fra byen.
Det åndelige, politiske og geografiske centrum i Yogya er den muromkransede kraton; sultanens palads. Kratonen var engang en hel by i byen med sit eget marked, butikker, skoler, moskéer og ca. 25.000 indbyggere.
Yogya er forsat et intellektuelt centrum med adskillige prestigefyldte universiteter, der har rødder tilbage i historien. Det var Yogyas tidligere sultan, den oplyste Hamengku Buwono IX, der valgte at dele ikke alene sin viden men også sit palads med byens unge. Det blev grundstenen til det første universitet for indonesere; Gajah Mada Universitetet, som åbnede i 1946. At der her er tale om Javas mest populære by for turister er let at forstå, da byen, udover sine mange attraktioner, er kendt for sin venlige og imødekommende atmosfære og ikke mindst et fantastisk udvalg af billige hoteller og restauranter.