São Tomé, som betyder ’Sankt Thomas’ på portugisisk, er både navnet på østatens største ø og navnet dens hovedstad.

Hovedstaden ligger ud til Ana Chavez bugten i den nordøstlige del af øen São Tomé. Over en tredjedel af landets befolkning bor i byen, og derfor byder byen på en hel del faciliteter for både de lokale og turister som skoler, biografer, markeder, hospitaler og øens lufthavn. Derudover bor landets præsident i byen – dog kan man kun se bygningen han bor, det er hverken tilladt at komme ind eller tage billeder af bygningen.

Øen São Tomé byder på dramatiske landskaber, gamle kakaoplantager og tropisk regnskov i Obo Nationalpark - tag med de lokale fiskermænd i kano gennem mangroveskove; på trekking og birdwatching i nationalparken; oplev de nyudklækkede havskildpadder og nyd de smukke sandstrande.

Det tropiske klima byder på en relativ lang våd sæson, fra oktober til slut maj og en kortere tør sæson på kun fire måneder. Årligt falder der i gennemsnit 1,000mm nedbør, men på trods af forskellen på de to sæsoner er der relativt få temperatursvingninger i løbet af året. De gennemsnitlige høje temperaturer er målt til 30 grader, og de gennemsnitlige lave er målt til 22 grader.